Avaliação

Orientações, critérios e recursos para o trabalho final da disciplina.

Trabalho final

O trabalho final deverá responder a uma pergunta relacionada à pesquisa do estudante ou do grupo por meio da análise de dados ômicos, preferencialmente secundários e públicos.

Objetivo

Responder a uma pergunta de pesquisa

Formule uma pergunta e uma hipótese explícitas e teste-as com dados.

Dados

Projeto ômico público

Localize uma matriz e seus metadados em bases como NCBI GEO ou Ensembl, ou outras fontes públicas.

Relatório

4 a 8 páginas

Escreva o relatório em R Markdown, com o código integrado ao texto.

Entrega principal

.Rmd + PDF

Entregue o arquivo-fonte e o documento compilado.

O grupo deverá obter dados e metadados que possam ser analisados em um notebook comum, preparar as amostras, selecionar bibliotecas de R adequadas ao tipo de dado e realizar uma análise estatística compatível com a pergunta formulada.

ImportanteO relatório deve ser reprodutível

O arquivo .Rmd deverá mostrar, passo a passo, como os dados e metadados foram obtidos, conferidos, preparados, analisados e usados para produzir tabelas, gráficos e resultados.

Estrutura do relatório

  1. Introdução e contexto
    Apresente o problema de pesquisa e sua relevância.

  2. Pergunta
    Declare, de modo direto, o que a análise pretende responder.

  3. Hipótese
    Explicite o resultado esperado antes de apresentar os testes.

  4. Metodologia
    Informe a fonte e a identificação do projeto, as amostras, os metadados, as etapas de processamento e a análise estatística.

  5. Resultados
    Apresente tabelas e gráficos produzidos em R, sempre com títulos ou legendas claras.

  6. Discussão e conclusão
    Interprete os achados de forma compatível com o desenho do estudo e reconheça suas limitações.

Critérios de avaliação

Pergunta e hipótese

Clareza, pertinência e relação explícita entre a pergunta proposta e a hipótese testada.

Dados e metadados

Adequação, viabilidade e documentação da origem dos dados, das amostras e das variáveis utilizadas.

Método

Correspondência entre o método estatístico, o desenho do estudo e o tipo de medida analisada.

Reprodutibilidade

Possibilidade de refazer o fluxo desde a obtenção dos dados até a geração dos resultados.

Comunicação visual

Qualidade das tabelas, dos gráficos, das legendas e da apresentação dos resultados.

Interpretação

Coerência das conclusões, reconhecimento dos limites e distinção entre associação e causalidade.

Informem claramente as amostras incluídas, os critérios de exclusão e a fonte dos metadados. Resultados que não confirmem a hipótese são válidos quando analisados e discutidos corretamente.

NotaPrincípios FAIR

Os princípios FAIR podem orientar a documentação e a organização dos dados e dos resultados como complemento ao trabalho. Eles não constituem a finalidade principal da avaliação.

Protótipo de relatório

O exemplo abaixo apresenta uma análise reprodutível de transcritos de VCL na cardiomiopatia familiar, usando os dados públicos do projeto GSE121559.

Baixar arquivo-fonte .Rmd Abrir PDF em nova aba

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Recursos complementares

Entrega

Entreguem os seguintes itens:

  • o relatório-fonte em .Rmd;
  • o PDF compilado a partir desse arquivo;
  • os dados pequenos necessários à reprodução ou, para arquivos grandes, instruções e identificadores que permitam baixá-los.

Um repositório poderá incluir ainda README.md, pastas como data e resultados e, quando necessário, um arquivo renv.lock para registrar as dependências do ambiente.